آزمایشگاه ملّی نقشه‌برداری مغز با هدف پاسخگویی به نیازهای پژوهشی و فناوری کشور در حوزه‌‌ی علوم و فناوری‌های شناختی تأسیس شده است. مأموریت اصلی این آزمایشگاه، ایجاد و توسعه‌ی زیرساخت‌های تخصصی تصویربرداری و تحریک مغزی برای پژوهش‌های شناختی، و ارائه‌ی خدمات دانش‌بنیان و روزآمد در این حوزه است. این مؤسسه ملّی به عنوان بستری فراگیر، در اختیار دانشگاه‌ها و پژوهشگران سراسر کشور قرار دارد. تجهیزات این آزمایشگاه شامل موارد زیر می‌باشند:

• تصویربرداری تشدید مغناطیسی عملکردی (fMRI) با قدرت میدانی ۳ تسلا
• سیستم‌های تحریک غیرتهاجمی مغزی شامل تحریک مغناطیسی فراجمجمه‌ای (TMS) و تحریک الکتریکی فراجمجمه‌ای (tCS)، سازگار با محیط MRI
• الکتروانسفالوگرافی (EEG) با قابلیت ثبت همزمان در محیط MRI
• طیف‌نگاری کارکردی مادون‌قرمز نزدیک (fNIRS)