داده های EEG خام همواره به دلیل وجود نویزهای موجود مثل برق شهرو الکتریسیته ساکن محیط و ... و همچنین به دلیل آرتیفکت های حرکتی (حرکت چشم ها و عضلات گردن و بدن و ...)، قابل استفاده بصورت خام و مستقیم نیست.
برای حذف این نویز ها و مشکلات موجود روی داده خام EEG ابتدا باید به اصطلاح آماده سازی، پیش پردازش یا preprocess شود.
مراحل preprocess با توجه به نحوه آنالیز متفاوت است ولی در کل شماتیک مراحل آن بصورت زیر است:
تصویر 1 شماتیک مراحل پیش پردازش
این مراحل برگرفته از پایپلاین دانشگاه هاروارد میباشد و توسط کارشناسان و متخصصین مجرب آزمایشگاه نقشه برداری ملی مغز با همین ترتیب پیش پردازش میشود.