برای انجام آزمایشات TMS آستانه حرکتی فرد اندازه گیری میشود تا پروتکل مورد انجام علاوه بر اینکه بر روی فرد تاثیر گذار است، برای وی خطر نداشته باشد.
یکی از راههای اندازهگیری آستانه حرکتی ثبت MEP (Motor Evoked potential) از عضلات دست میباشد. در این آزمایش الکترودها برای ثبت پتانسیل حرکتی واداشته از عضله APB (abductor pollicis brevis)، در اثر تحریک مغناطیسی الکترودها مطابق شکل روی دست متصل شدند، سپس با شدتهای متفاوت، MEP ثبت شده است. در صورتی که پس از یافتن نقطه مورد نظر که حداکثر پیک تا پیک MEP را با شدت حدود 70% خروجی دستگاه TMS ایجاد کرد، حال میتوان با کاهش شدت به پیک تا پیک 50 میکرو ولت رسید و آستانه حرکتی را تعیین نمود.