FreeSurferیک بسته نرم افزاری قدرتمند برای پردازش تصاویر آناتومیک MRI است. اگرچه این برنامه ذاتا برنامه پردازش داده fMRI نیست، با این حال به تازگی برای کمک به پردازش تصاویر fMRI بسیار استفاده می شود.
امروزه بر خلاف گذشته که محققان مجبور بودند برای آنالیز داده fMRI، برنامه ای طراحی کنند، پکیج‌های کامل نرم‌افزاری وجود‌دارد که می‌توان از آن‌ها برای آنالیز داده fMRI استفاده نمود.
