معیارهای مختلفی برای بررسی مورفومتری مغز چون حجم ماده سفید، حجم ماده خاکستری، سطح و ضخامت کورتکس وجود دارد. دو تکنیک برای آنالیز مورفومتری مغز وجود دارد که شامل Voxel Based Morphometry (VBM) و Surface-based analysis (SBA) است. این دو نوع آنالیز بر روی تصاویر T1 (و در برخی موارد با کمک تصاویر T2) صورت گرفته و تغییرات و تفاوت های معنادار بین گروه‌های تصویربرداری را می‌توان مشخص کرد.
خدمات آزمایشگاه در بخش آنالیز حجمی و آنالیز مورفومتری:
این آنالیزها شامل Voxel-based morphometry، Deformation-based morphometry، Region-based morphometry و Surface-based morphometry می‌باشند که با استفاده از نرم افزار‌های SPM (SPM12)، CAT12 و Freesurfer (آنالیزهای ROI based وVertex wise analysis) در اختیار پژوهشگران قرار داده می شود.
شکل 1: تقسیم نواحی مختلف مغز جهت بررسی های کمی
شکل 2: نمونه‌ای از آنالیز Voxel based
شکل 3: نمونه‌ای از آنالیز Surface-based
از جمله نکات مهمی که هنگام آنالیز تصاویر در Freesurfer وجود دارد، عیب‌یابی و تصحیح تصاویر خروجی نرم‌ا‌فزار به صورت دستی می‌باشد که کاری دشوار و زمانگیر است. این قابلیت در بخش آنالیز تصاویر قابل انجام می‌باشد.
شکل 4: نمونه‌ای از اعمال تصحیح بر تصاویر خروجی freesurfer