ساختار مدیریتی - اجرایی شاخه دانشجویی بر اساس فعالیت کارگروه ها بنا نهاده شده است. مجموعه این کارگروهها به عنوان زیرمجموعه ای از مدیریت ترویج و آموزش آزمایشگاه ملی نقشه برداری مغز به پیش می رود. با توجه به اینکه این آزمایشگاه یکی از مجهزترین مراکز تحقیقاتی پیشرفته در حیطه نقشه برداری مغز است از این رو فرصت مناسبی برای دانشجویان فراهم شده است تا در راستای فعالیت در کارگروه ها بتوانند از مزایای تخصصی آزمایشگاه بهره مند شوند. این آزمایشگاه با حمایت معاونت علم و فناوری نهاد ریاست جمهوری، امکانات بی بدیلی را در راستای پیشرفت علم، در اختیار پژوهشگران قرار می دهد.