کارگاه: مقدمه ای بر سرور لینوکس برای کاربردهای پژوهشی

آزمایشگاه ملی نقشه برداری مغز برگزار میکند:

کارگاه: مقدمه ای بر سرور لینوکس برای کاربردهای پژوهشی

 

مدرسین:

 

• محمدحسین حاجی‌کاظم نیلی، کارشناسی ارشد هوش مصنوعی و رباتیک دانشگاه تهران، متخصص سرورهای محاسباتی و ردیاب چشم آزمایشگاه ملّی نقشه‌برداری مغز
• یامین باقری دعویسرایی، کارشناسی ارشد علوم شناختی دانشگاه تهران، متخصص سرورهای محاسباتی و ردیاب چشم آزمایشگاه ملّی نقشه‌برداری مغز

 

مدت دوره: 12 ساعت

نوع دوره: حضوری/آنلاین

جلسه اول:

مقدمه‌ای بر لینوکس و دستورات ضروری (3 ساعت): آشنایی با سیستم‌عامل لینوکس، دستورات ضروری و تعاملات پایه با سرور.

• آشنایی با سیستم‌عامل لینوکس: معماری (کرنل، شل، CLI)، تفاوت توزیع‌ها (مانند اوبونتو، دبیان).
• ساختار سیستم فایل: سلسله مراتب سیستم فایل، کار با فایل‌ها و پوشه‌ها، مجوزهای فایل.
• دستورات ضروری برای پیمایش و عملیات فایل: پیمایش، عملیات فایل، مشاهده و ویرایش فایل، ابزارهای پردازش متن، نظارت بر سیستم، ابزارهای شبکه.
• سفارشی‌سازی محیط: bashrc و aliases، تنظیم متغیرهای محیطی.
• مقدمه‌ای بر محاسبات با عملکرد بالا (HPC): اصول HPC، زمان‌بندی وظایف (SLURM، PBS)، پردازش موازی.
• تمرین‌های عملی: پیمایش سیستم فایل، ایجاد و مدیریت فایل‌ها، تغییر مجوزها و سفارشی‌سازی محیط شل.

 

جلسه دوم:

مدیریت بسته‌ها، Containerization و نصب نرم‌افزار (3 ساعت): مدیریت نصب نرم‌افزار با استفاده از مدیرهای بسته و آشنایی با Containerization برای جریان‌های کاری پژوهشی.

• مروری بر مدیریت بسته‌ها: apt، snap، conda، Flatpak، npm.
• مقدمه‌ای بر Containerization: استفاده از Containerها در مقابل ماشین‌های مجازی، اهمیت در محاسبات علمی.
• Docker: نصب Docker، ایجاد و اجرای Containerها، Dockerfileها، محدودیت‌ها در HPC.
• Singularity: اجرای Containerها بدون دسترسی root استفاده از Docker image در Singularity.
• تمرین‌های عملی: نصب و استفاده از مدیرهای بسته، راه‌اندازی Containerهای Docker، استفاده از Singularity برای اجرای ابزارهای علمی.

 

جلسه سوم:

اتصال به سرور و کار از راه دور (3 ساعت): یادگیری اتصال ایمن به سرورهای لینوکس، مدیریت جلسات راه دور، و استفاده از ابزارهای توسعه.

• پروتکل‌های اتصال: SSH، SFTP & SCP، rsync.
• مدیریت وظایف راه دور: tmux، nohup، Cron Jobs.
• ابزارهای توسعه از راه دور: Git/GitHub، Jupyter Notebooks، VSCode.
• ابزارهای عملکرد شبکه: آزمایش سرعت، ابزارهای اندازه‌گیری و تجزیه و تحلیل تأخیر شبکه.
• تمرین‌های عملی: اتصال به سرور با SSH، انتقال فایل با SFTP و rsync، استفاده از tmux، راه‌اندازی مخازن Git/GitHub، انجام آزمایش‌های سرعت شبکه.

 

جلسه چهارم:

ابزارهای تخصصی و کاربردهای دنیای واقعی (3 ساعت): به‌کارگیری دانش برای استفاده و پیکربندی ابزارهای پژوهشی خاص حوزه پزشکی، و  دانش مغز.

• معرفی ابزارهای تصویربرداری پزشکی: پیکربندی و استفاده از نرم‌افزار‌های FSL، MRtrix3،CONN toolbox، ExploreDTI، Connectome Workbench ، AFNI، SPM، Freesurfer.
• معرفی ابزارهای ژنومیک سرور آزمایشگاه ملّی نقشه برداری مغز: هم‌ترازی توالی، تحلیل بیان ژنی.
• معرفی چهار‌جوب نرم‌افزاری یادگیری ماشین و هوش مصنوعی: TensorFlow، PyTorch.
• گزینه‌های اجاره سرور: معرفی شرکت‌های ارائه‌دهنده خدمات اجاره سرور خارجی و داخلی.
• اجرای دستورات ابتدایی برخی از نرم‌افزارهای نصب‌شده روی سرور محاسباتی.

 

مخاطبان:
این کارگاه برای پژوهشگران حوزه‌های پزشکی، ژنتیک، زیست شناسی، روانشناسی، علوم اعصاب و علوم کامپیوتر و پژوهشگران علاقه‌مند به بهینه‌سازی جریان کاری خود با استفاده از سرورها مناسب است.

  

هزینه ثبت نام (شرکت در دوره به صورت حضوری): 3300000 تومان

 هزینه ثبت نام (آنلاین): 2500000 تومان

هزینه ثبت نام برای دانشجویان : 2000000 تومان  

 

کاربران محترم ،

پس از اتمام دوره، ویدیوهای آموزشی دوره به مدت حداقل 3 ماه در اختیار شرکت کنندگان قرار داده خواهد شد، مطابق قوانین کپی رایت؛ هرگونه ضبط ، تکثیر و نشر تمام یا بخشی از مطالب و فیلمهای رویدادهای آموزشی که از سوی آزمایشگاه ملی نقشه برداری مغز برگزار می گردد، مشروط به دریافت رضایت کتبی از آزمایشگاه و مدرسان می‌باشد و در غیر این صورت پیگرد قانونی دارد.

چنانچه شواهدي مبني بر ضبط و انتشار غيرقانوني ويديوهاي آموزشي مشاهده شود، علاوه بر پيگيري قانوني موضوع، افراد خاطي از شركت در ساير دوره هاي آموزشي محروم خواهند شد.

لازم به ذکر است که  ثبت نام رویداد ۲۴ ساعت قبل از شروع برگزاری بسته شده و پس از این زمان امکان ثبت نام و ارسال لینک وجود ندارد.

رویداد در محیط اسکای روم برگزار خواهد شد؛ لینک حضور از طریق پیامک و ایمیل به شرکت کنندگان ارسال می گردد. همچنین احتمال دریافت ایمیلهای آزمایشگاه در اسپم ( spam) وجود دارد. 

در صورت بروز هر نوع اشکال در پروسه ثبت نام و یا جهت کسب اطلاعات بیشتر راجع به دوره آموزشی، لطفا در ساعات اداری با داخلی 136  و 137 تماس حاصل فرمایید .

 

توجه مهم : لطفا هنگام ثبت نام در دوره، سرفصل های دوره را به دقت مطالعه کنید در صورت ثبت نام عودت وجه از طرف آزمایشگاه امکانپذیر نیست. عودت وجه فقط در صورتی که دوره از طرف NBML  کنسل شود و یا به تاریخ دیگری موکول شود انجام خواهد شد.