آزمایشگاه ملی نقشه برداری مغز

سرور محاسبات سریع

لیست نرم افزاها و پایپ لاین های نصب شده روی سرور محاسباتی به شرح زیر بیان می شود.

  1. نرم افزارهای مخصوص آنالیز تصاویر آناتومیک و عملکردی مغز
    • FSL
    • FreeSurfer
    • SPM
    • AFNI
    • ANTS
    • CARET
    • FSLview
    • FSLeyes
    • MRIcron
  2. نرم افزارهای مخصوص آنالیز تصاویر DW-MRI
    • Dipy
    • MRtrix
    • DTIPrep
    • FSL
    • FreeSurfer
    • ExploreDTI
  3. پایپ لاین انیگما و پایپ لاین گانتر جهت آنالیز نسبتا خودکار داده های حالت استراحت و DTI
  4. نرم افزارهای پایه شامل
    • Matlab
    • Python 2
    • Python 3
    • Spyder
    • Octave
  5. جعبه ابزارهای مورد نیاز
    • EEGLab
    • CONN
    • Psychtoolbox
    • Psychopy
    • Brain

خدمات واحد سرور محاسباتی آزمایشگاه ملی نقشه برداری مغز:

  1. ارایه ی نام کاربری اختصاصی جهت دسترسی به سرور محاسباتی از راه دور.
  2. مشاوره و راهنمایی نحوه ی استفاده از نرم افزارها و پایپ لاین ها ی موجود روی سرور محاسباتی.
  3. طراحی و پیاده سازی پایپ لاین های خاص آنالیز تصاویر با کاربرد اختصاصی برای مثال :
    • پیاده سازی پایپ لاین های مخصوص تصاویر Diffusion MRI بر بستر MRTRIX: این نرم افزار قادر به پیاده سازی مدل های مختلف ریاضیاتی دادگان HARDI شامل مدل ساده ی DTI و مدل های پیچیده تری مانند DKI، Spherical harmonics می باشد. هم چنین به کمک این نرم افزار ترکتوگرافی تصاویر با استفاده از انواع مختلف الگوریتم های deterministic و probabilistic قابل انجام می باشد.
    • پیاده سازی پایپ لاین های مخصوص تصاویر Diffusion MRI بر بستر Dipy: به کمک این بسته ی نرم افزاری هم مدل های مختلف روی تصاویر DWI قابل پیاده سازی است که از آن جمله می توان مدل های چند محفظه ای مربوط به استخراج کمیت های ریزساختاری مغز را نام برد.
    • پیاده سازی پایپ لاین مخصوص پیش پردازش داده های آناتومیک و حالت استراحت تصاویر عملکردی که مدل اصلاحی پیاده شده در پروژه کانکتوم می باشد