بسمه تعالی
درخواست برای ارائه پیش پروپوزال
توسعه سامانه نرم افزاری پلتفرم داده
(بایوبانک داده برخط)
آزمایشگاه ملی نقشه برداری مغزایران
در عصر داده‌ها، پیشرفت‌های چشمگیر در حوزه هوش مصنوعی و تحلیل کلان‌داده‌ها، تحولات گسترده‌ای در علوم مختلف، به‌ویژه در عرصه پزشکی و سلامت، رقم زده است. آزمایشگاه ملی نقشهبرداری مغز، به‌عنوان یکی از مراکز پیشرو در پژوهشهای علوم شناختی و اعصاب، با بهره گیری از تجهیزات پیشرفته، اقدام به ثبت و تحلیل انواع دادههای پژوهشی از جمله تصاویر، بیوسیگنال ها، داده های جدولی و داده های رفتاری-شناختی می نماید. این آزمایشگاه، با فراهم آوردن امکانات پیشرفته و نیز ارائه خدمات مشاوره تخصصی به پژوهشگران بستری ایده ال را برای پژوهشگران فراهم آورده است تا پروژه های خود را با استفاده از داده های جمع آوری شده به انجام رسانند.
واحد بایوبانک آزمایشگاه ملی نقشهبرداری مغز ایران در سال ۱۳۹۷ با هدف گردآوری، مدیریت و به‌اشتراک‌گذاری دادههای پژوهشی تأسیس شده است. این واحد با بهره‌گیری از زیرساخت‌های پیشرفته سخت‌افزاری و نرم‌افزاری، امکان ذخیره‌سازی داده‌ها و ارائه خدمات به کاربران، از جمله پژوهشگران، مالکان داده و مدیران سامانه را فراهم می‌کند. بایوبانک آزمایشگاه با گردآوری دادههای اهدایی از مراکز بالینی و پژوهشی و دیتاستهای حاصل از پژوهشهای اجراشده در آزمایشگاه، ضمن توسعه زیرساخت‌های لازم، به‌عنوان یک مرکز داده تخصصی در حوزه مغز و شناخت فعالیت دارد.
در سطح بین‌المللی، پلتفرم‌های مشابهی برای ذخیره و پردازش دادههای پژوهشی وجود دارند؛ برخی با کاربرد عمومی، مانند Kaggle و Google Dataset، و برخی دیگر به‌صورت تخصصی در حوزه علوم اعصاب و شناخت، از جمله OpenNeuro و ADNI.
با توجه به مأموریت بایوبانک آزمایشگاه ملی نقشهبرداری مغز، توسعه یک سامانه نرم‌افزاری پلتفرم داده (بایوبانک) در دستور کار قرار گرفته است. کارکرد اصلی این بایوبانک شامل امکان بارگذاری، ذخیره‌سازی، مدیریت (نظیر درج، حذف و به‌روزرسانی)، و بازیابی و استخراج دادههای موردنیاز کاربران و پژوهشگران است که طبق الزامات طرح انجام می‌شود. این سامانه باید امکان دسترسی به داده‌ها را به‌طور کامل، منعطف، موثر و کارآمد و ضمنا با رعایت اصول اخلاقی و قانونی مورد انتظار فراهم کرده و فرآیندهای مدیریت داده را به‌گونه‌ای تسهیل کند که نیازهای کاربران و پژوهشگران به‌خوبی پاسخ داده شود. علاوه بر این، پلتفرم باید توانایی اعمال تغییرات و به‌روزرسانی‌های ضروری در داده‌ها را داشته باشد تا همواره دادههای صحیح، دقیق و به‌روز در دسترس باشند.
از میان نمونه‌های مشابه جهانی، سامانه OpenNeuro (دانشگاه استنفورد) که متن‌باز بوده و مستندسازی مناسبی نیز دارد، نزدیک‌ترین نمونه به سامانه موردنظر برای بایوبانک آزمایشگاه تلقی می‌شود. لازم به ذکر است که OpenNeuro تنها به‌عنوان مبنا در نظر گرفته‌شده و امکانات و الزامات بیشتری برای بایوبانک مورد انتظار، پیش‌بینی شده است.
ساختار داده انتخاب‌شده برای بایوبانک آزمایشگاه ملی نقشهبرداری مغز، مبتنی بر Brain Imaging Data Structure (BIDS) است. این استاندارد بین‌المللی، پس از بررسی بایوبانک‌های معتبر جهانی و مطالعه ساختار دادههای آنها، به دلیل پشتیبانی از دادههای چندوجهی و سازگاری گسترده انتخاب شده است. ساختار داده پلتفرم بایوبانک، ضمن حفظ سازگاری حداکثری با BIDS، در موارد ضروری بر اساس نیازهای فعلی و آتی توسعه خواهد یافت تا همچنان پاسخگوی نیازهای متنوع پژوهشگران باشد.
یکی از مهمترین توسعه های لازم بر ساختار داده BIDS، پشتیبانی از داده های چندوجهی (multimodal) و ایجاد هویت مستقل و مجزا برای هر نمونه داده مغزی (نظیر هر فایل تصویر، سیگنال یا داده های جدولی) است. این امکان ، پژوهشگران را قادر می سازد تا یک قلم داده را در کنار داده های دیگر از وجه های گوناگون ( مدالیته های مختلف) به صورت مجزا انتخاب کنند. برای تحقق این هدف، لازم است شناسه ای (Id) سراسری برای هر قلم داده تعریف شود که باید در نسخه توسعه یافته BIDS تعبیه گردد.
از جمله قابلیت های مورد انتظار سامانه بایوبانک آزمایشگاه ملی نقشه برداری مغز می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:
- امکان تعریف حساب کاربری (Profile) برای کاربران
- وجود مکانیزم‌های امنیتی نظیر گمنام‌سازی داده‌ها ، احراز اصالت داده‌ها، احراز اصالت کاربران، کنترل دسترسی، حسابرسی و ممیزی و رمزنگاری در صورت نیاز
- امکان جستجوی داده‌ها به دو صورت سریع (بر اساس دیتاست) و پیشرفته (بر اساس واحد قلم دادههای مغزی)، با پشتیبانی از انواع قیدها و فیلترهای متنوع
- توسعه سیستم های مجزای آپلود و دانلود داده‌ها با امکانات مدیریت فرآیند ها همچون ابزارهای جانبی لازم برای بارگذاری دیتاستها (مثلا ابزار تبدیل خودکار به ساختار استاندارد BIDS)، پیشپردازش داده و امثال آن
- ارائه گزارش‌های آماری متنوع برای راهبران سامانه و مدیران بایوبانک، همراه با داشبوردهای مصوّرسازی برخط
- پشتیبانی از انواع مدالیتههای دادههای مغزی آزمایشگاه ملی نقشهبرداری مغز همچون EEG، EMG ، FNIRS، IMU،MRI ، AR ، VRو .... مبتنی بر ساختار داده BIDS
- پشتیبانی از فرایند پرداخت برای خرید فراوردههای بایوبانک در سامانه پلتفرم داده (بایوبانک)
- ملاحظات:
- امکانات مورد نیاز ذکر شده در این درخواست پیش پروپوزال جزو موارد اصلی پیش بینی شده برای بایوبانک بوده و جزئیات امکانات مورد انتظار و متن کامل RFP پس از شروع مذاکره در اختیار تیم های پیشنهاد دهنده قرار خواهد گرفت.
- پروپوزال باید شامل معرفی تیمی متخصص با تجربه در زمینه‌های مرتبط با پروژه باشد. سابقه انجام پروژه‌های مشابه یا مرتبط یک امتیاز ویژه محسوب می‌شود. شرح خدمات سامانه و طرح پیشنهادی، متدلوژی، تحویلدادنیها، زمان و هزینه پیشنهادی در کنار تیم تخصصی و سوابق آنها از مهمترین معیارها در پذیرش پیشنهاد خواهند بود.
- پذیرش یا رد پیش پروپوزال و پروپوزال‌ها بر اساس اولویت‌های نیازمندی و منابع مالی آزمایشگاه انجام خواهد شد. هیئت رئیسه آزمایشگاه مسئول تصمیم‌گیری نهایی است.
- ارسال پروپوزال به آزمایشگاه هیچ تعهدی برای پذیرش آن توسط آزمایشگاه ایجاد نمی‌کند.
لطفا پیشنهادات را تا تاریخ 15 اسفندماه 1403 به ایمیل biobank@nbml.ir ارسال فرمائید.
اطلاعات تماس و مکان:
نشانی: ایران، تهران، خیابان کارگر شمالی، پردیس دانشکده های فنی، ضلع جنوبی دانشکده برق
تلفن تماس: 02186093109- ( داخلی 160)